Tyto motory spalují vodík jako palivo místo benzinu, podobně jako rakety. Japonská automobilka uvedla, že testování technologie v závodních automobilech jí umožní sbírat data a pokoušet se řešit problémy přímo na závodní dráze. Toyota již dříve oznámila, že vyvíjí vodíkový spalovací motor, který má také americký Ford a další automobilky. Vozidla poháněná takovými motory se liší od vozidel s palivovými články, která využívají vodík k výrobě elektřiny, a od elektrických nebo hybridních vozidel.
Japonský management Toyoty odmítl sdělit, kdy se vodíkový spalovací motor může dostat do komerčních modelů, a uznal, že je zapotřebí dalšího vývoje, aby se vyřešil jeho zatím omezený jízdní dosah. Další překážkou je infrastruktura pro pohon těchto vozidel.
Jednou z výhod vodíkových motorů je, že od běžných spalovacích motorů jsou potřeba minimální úpravy, s výjimkou palivového potrubí a vstřikovacích systémů. Používání vodíku jako paliva s sebou nese určité riziko, ale vodíkové čerpací stanice fungují po celém Japonsku a zatím bez větších nehod.
Toyota Yaris s 1,6litrovým motorem je modelem, na kterém se nejnovější vodíková technologie testuje. Do prostoru zadních sedadel závodního vozu se vešly dvě vodíkové nádrže, i když u komerčních modelů se jejich umístění pravděpodobně změní. Vodík může nabídnout některé výhody. Baterie pro elektromobily vyžadují různé minerály, zatímco vodíku je v životním prostředí relativně dost a lze jej snadno skladovat a přepravovat.
Vodík lze vytvořit z vody elektrolýzou, často prováděnou ve školních chemických experimentech. Vodík může být mnohem levnější než benzín, jehož ceny divoce kolísají. Toyota také uvedla, že vyrábí vodík v geotermální elektrárně v jižním Japonsku. Vodíkový motor však není stoprocentně čistý, přičemž kvůli motorovému oleji vypouští nepatrné množství oxidu uhličitého.
